Chiesa di San Giovanni Battista o della Rotonda (Sec. III-II a. C.)
Edificato in età romana e, in origine, fu un tempio pagano dedicato al dio Giano, veniva consacrato nell'Anno Domini 996 a San Giovanni Battista. La forma "rotonda" della Chiesa dà il suo nome alla città "Sancti Joannis Rotundi" (San Giovanni Rotondo). Costituita da un impianto circolare, la chiesa rappresenta uno dei vincoli storici più saldi della città. Al suo interno sono stati rinvenuti alcuni pregiatissimi affreschi di età medievale. (Piazza del Carmine)
Chiesa di Santa Caterina (Sec. XI)
Edificata fra il 1086-1097 era la più antica chiesa nelle mura dell'antica città di San Giovanni Rotondo. Si venera, in particolare, il culto di Santa Lucia. (Via S. Caterina)
Chiesa di Sant'Antonio Onofrio (Sec. XIII)
La Chiesa venne edificata per volere di Federico II di Svevia, nell'anno 1231. Oggi si presenta come un armonioso insieme di elementi caratterizzanti diversi periodi storici. Conserva al suo interno tracce di affreschi medievali: una "Natività" di A. Ciccone e un dipinto raffigurante il "Battesimo di Gesù Cristo" di F. P. Fiorentino. Si venera, in particolare, il culto della Vergine del Monte Carmelo. (Piazza del Carmine)
Chiesa di San Donato (Sec. XIII)
La costruzione della Chiesa risale all'Anno Domini 1292, ad opera dei Germani, della ricca famiglia che aveva la sua dimora a pochi metri dal tempio stesso. E' nota soprattutto perché la volta al suo interno custodisce pregevoli affreschi ritraenti alcuni momenti di vita della Madonna. (Corso Regina Margherita)
Chiesa di San Lorenzo o Chiesa Matrice (Sec. XIII-XVII)
E' la chiesa principale di San Giovanni Rotondo, venne edificata nel XIII secolo, addossata alla porta Maggiore della cinta muraria fortificata del Castello della città. Sul portale d'ingresso vi è una statua di San Michele Arcangelo, quale segno della devozione sangiovannese per lo scampato pericolo della peste che ha invaso il Gargano nel 1656. All'interno della chiesa è custodito uno storico e pregevole organo del 1694. (Corso Regina Margherita)
Chiesa di San Giacomo (Sec. XIV)
Presente già nel 1304, la Chiesa di San Giacomo era annessa all'antico ospedale dei poveri, come figura nell'inventario dei beni di Raimondo Berlingieri, Signore di San Giovanni Rotondo e della Contea di Monte Sant'Angelo. Questa chiesa, in momenti di emergenza, fu sede del Consiglio comunale e del tribunale militare, durante la reazione borbonica del 1860. (Corso Regina Margherita)
Chiesa della Madonna di Loreto (Sec. XV)
Edificata tra il 1440 e il 1450 da pellegrini marchigiani diretti in pellegrinaggio alla sacra Grotta dell'Arcangelo Michele di Monte Sant'Angelo. La chiesa ricalca le dimensioni reali della Sacra Casa di Nazareth. (Piazza del Carmine)
Chiesa di Sant'Orsola (Sec. XVI-XVII)
Fu edificata nel 1596, grazie alla donazione del terreno da parte di Don Giovanni Verna. Fu sede fin dal 1650 dell'Arciconfraternita dei morti. All'interno del tempio, tutto in stile barocco-rococò, sono custoditi pregevoli dipinti (sec. XVII-XVIII), così come un organo cinquecentesco già restaurato nel 1986) rivestito di cornici e cimose in oro bianco e argento. (Via S. Orsola)
Chiesa della Maddalena (SEC. XVII)
Edificata nel 1777 fu dedicata a Santa Maria Maddalena. Realizzata in stile barocco-rococò conserva pregevoli dipinti e tele. Oggi non restano che "ruderi" e alcuni dipinti sulle pareti ormai sgretolate. (Piazza Beata M. De Mattias)
Chiesa di San Nicola (Sec. XVII)
Edificata nel 1640-1650. Nel 1700 si stabilì con regolare statuto la Congregazione dei Sette Dolori. Restaurata per la prima volta nel 1889. E' caratterizzata da un prezioso portale in rame raffigurante alcuni momenti della vita di San Nicola. (Via S. Nicola)
Chiesa di San Giuseppe Artigiano (Sec. XX)
La Chiesa venne l'inaugurata l'11 settembre 1965 con la posa della prima pietra il 1 maggio 1958. Al suo interno è possibile ammirare un pregevole mosaico rappresentante "Cristo Redentore". (Piazza Europa)
Edicole Via Crucis (Sec. XX)
La edicole della via crucis che si snodano lungo viale Cappuccini, furono donate a Padre Pio dai figli spirituali di Bologna e benedette dal frate delle Stimmate il 7 ottobre 1937. Padre Pio disse che chiunque avesse detto il Santo Rosario lungo il viale delle sacre edicole, sarebbe stato vicino al cuore della Madonna. (Viale dei Cappuccini)
Il Convento dei Frati Minori Cappuccini (Sec XVI)
Edificato nel XVI secolo, il Convento rappresenta uno dei simboli più antichi della memoria collettiva del popolo sangiovannese. Per molti anni è stata la dimora terrena di Padre Pio, la casa dentro la quale gli fu affidata la missione divina. Il Frate vi giunse per la prima volta il 28 luglio 1916. (Piazzale Santa Maria delle Grazie)
Chiesa Maggiore d Santa Maria delle Grazie (Sec. XX)
Situata alla destra della Chiesa antica, la posa della prima pietra avvenne il 2 luglio 1956 e venne consacrata ai culti sacri il 1 luglio 1959. La basilica è a tre navate: quella centrale, dov'è posto l'altare maggiore, è montato un mosaico della Madonna delle Grazie; nelle navate laterali, vi sono altari secondari, sui quali sono montati otto mosaici eseguiti dalla scuola vaticana. Nella chiesa sono, inoltre, custoditi pregevoli affreschi e vetrate istoriate.
Monastero delle Clarisse (Sec. XX)
Fu edificato nel 1975, per volere di Padre Pio e di fra Daniele Natale, su un suolo donato dal dottor Pietro Melillo alle Clarisse Cappuccine. La prima pietra del complesso religioso fu posata il 23 settembre del 1975. Al suo interno, sorge la chiesa della Resurrezione, il "fulcro di preghiera" di tutto il Monastero. Custodisce, inoltre, un ampio e capiente auditorium, nel quale hanno luogo seminari e convegni sulla figura e le opere del frate che predicò la bontà, la carità e la preghiera. (Via Valle Oscura)
